Fixing end-of-lines in UNIX shell programs and other files.

When we work on both Windows and UNIX/Linux, we sometimes get errors related to the fact that Windows and UNIX use different characters for end-of-lines in text files. Files transferred from Windows to UNIX end up with Windows-style end-of-lines. That happened with runUserApp.sh and runAdminApp.sh in the originally-provided music1-setup project.

Unfortunately, although files with \r\n in them look fine with cat or more, they don't work properly with shell execution, for example "sh runUserApp.sh" gets the error  

"Error: Could not find or load main class UserApp.class".

You can see the Windows end-of-lines by using the "od -c" UNIX command: This was how it looked before I fixed it:

topcat$ od -c runUserApp.sh
0000000   #       f   o   r       M   a   c       o   r       L   i   n
0000020   u   x   ,       e   x   e   c   u   t   e       U   s   e   r
0000040   A   p   p  \r  \n   #       b   e       s   u   r   e       t
0000060   o       s   t   a   r   t       a   n   d       l   o   a   d
0000100       h   s   q   l   d   b       b   e   f   o   r   e       u
0000120   s   i   n   g       t   h   i   s  \r  \n   j   a   v   a
0000140   -   c   p       l   i   b   /   h   s   q   l   d   b   .   j
0000160   a   r   :   b   i   n       c   s   6   3   6   .   m   u   s
0000200   i   c   .   p   r   e   s   e   n   t   a   t   i   o   n   .
0000220   U   s   e   r   A   p   p  \r  \n

You can fix the end-of lines with the UNIX command dos2unix
topcat$ dos2unix *.sh
dos2unix: converting file runAdminApp.sh to Unix format ...
dos2unix: converting file runUserApp.sh to Unix format ...

Now the end-of-lines are UNIX-style:  Here is the fixed runUserApp.sh:

od -c runUserApp.sh
0000000   #       f   o   r       M   a   c       o   r       L   i   n
0000020   u   x   ,       e   x   e   c   u   t   e       U   s   e   r
0000040   A   p   p  \n   #       b   e       s   u   r   e       t   o
0000060       s   t   a   r   t       a   n   d       l   o   a   d
0000100   h   s   q   l   d   b       b   e   f   o   r   e       u   s
0000120   i   n   g       t   h   i   s  \n   j   a   v   a       -   c
0000140   p       l   i   b   /   h   s   q   l   d   b   .   j   a   r
0000160   :   b   i   n       c   s   6   3   6   .   m   u   s   i   c
0000200   .   p   r   e   s   e   n   t   a   t   i   o   n   .   U   s
0000220   e   r   A   p   p  \n
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